Да что вы прицепились к этим трубам. Ниша, что за вентшахтой устроена, наверняка, проектировщиками не предполагалась для расположения стояков. Это сделано для прокладки труб из туалета на кухню, и только. А стояки стоят там, где и предполагались по проекту (проекта не видел, но полагаю, что так).
Сам проектирую сети водопровода и канализации и расположение стояков у задней стенки туалета - это классическая схема. Если посмотрите на схему, приложенную к вашему договору, то увидите, что в туалете у вас задняя часть отгорожена. Просто Домстрой не сделал перегородку, закрывающую шахту, как предусмотрено в проекте по схеме.
И еще, в рабочей документации стояки всегда привязываются точно, погрешность 5-10 мм.
И не надо сравнивать с ПИКом. Это панель, где все делается по типовым сериям. И квартиры они сдают с полной отделкой, так что шахты они обязаны в любом случае зашить.